マイクロスコープで被写体に焦点を合わせようとしても、電子基板のような凹凸のある被写体の場合は、焦点が被写体の一部にしか合いません。

しかし、マイクロスコープで複数の部位に焦点を合わせた画像を複数用意し、焦点合成ソフトを用いて、それぞれの画像から「焦点の合っている部分」を抽出し、それらの部分的な画像を合成して広い範囲に焦点が合っているかのような画像を作成するのが焦点合成です。

工業用マイクロスコープ等には、焦点合成ソフトをハードウェアに組み込んだものもありますし、焦点合成ソフトをインストールしたパソコンに画像を取り込んで焦点合成を行う方法もあります。