偏光顕微鏡が活用されるのは、たとえば岩石などの結晶の構造や分子構造などを調べるという場面です。

また生物試料に含まれる結晶質の物質を観察したい場合、たとえば細胞外マトリックスや異常沈着物の一部を観察したい場合には、偏光顕微鏡が便利です。

偏光顕微鏡をより便利にした「LC-Polscope」と呼ばれる顕微鏡は、観察対象を染色せずに観察ができて、細胞にダメージを与えないため、たとえば人工授精させた受精卵などを観察するのにも適しています。