光学顕微鏡は、可視光線を利用して大気中で観察を行うことができるというメリットがあるのですが、観察に使う倍率を上げても、ある程度以上の解像度を上げることができません。

そこで、可視光線より波長の短い「電子線」を使って観察するのが電子顕微鏡です。

電子顕微鏡は細胞の内部など、非常に細かい部分まで観察をすることもできますが、高真空中で電子線を用いて観察するという仕組み上、生物標本を生きたまま観察することはできません。