標本を見やすくするための方法として「対比染色」というものがあり、これは主となる染色と、その色と対照的な色での染色を行うことによって、標本が見やすくなるようにするものです。

HE染色も対比染色の一種であり、他にギムネッツ染色法と呼ばれるものがあり、これはフクシンという染料に加え、対比染色としてマラカイトグリーンを使用するものです。

グラム染色にも、クリスタルバイオレットが用いられると共に、対比染色のためにサフラニンが使われます。