凍結切片法にもパラフィン切片法にも、メリット、デメリットがありますので、観察の目的などに応じて、適切な方法を選ぶことになります。

凍結切片法のメリットとしては「脂肪染色」が可能であることや、電子顕微鏡を使っての免疫組織化学染色の局在観察をすることができる点があります。

また、抗原性の保持という点では、パラフィン切片に比べて凍結切片法のほうが優れていることや、試料を凍結させてミクロトームで切り出す過程が早くできるということも大きなメリットです。