デジタルマイクロスコープで観察した画像は、そのままで実験や観察などに用いることも可能ですが、より鮮明な画像を得るためには、ノイズ除去・2値化をはじめ、様々な画像処理を行うことも多いです。

汎用画像処理ソフトウェアはこれらの処理を行うと共に、画像の計測なども行う機能を備えています。

マイクロスコープで何かを観察することには、計測（長さ、距離、角度など）を行うことと切り離せませんので、目的に応じて必要な汎用画像処理ソフトウェアを用いることになります。