医学・生物学の分野で大歓迎され、ノーベル化学賞を受賞した超解像蛍光顕微鏡には、細胞などの生体試料を生きたまま観察することができるというメリットがあります。

光学顕微鏡に比べて解像度が高いという点では、電子顕微鏡を利用するという方法もあるのですが、電子顕微鏡は真空下で観察しなければならず、また試料に電子線を照射することも必要であり、生体試料を生きたまま観察することは不可能だったのです。

そのため、「生きたまま」の観察が必要な場面では、蛍光顕微鏡が活躍しています。