蛍光観察を行うために、蛍光色素を用いて染色が行われます。

特定の蛍光色素に染まりやすい組織、染まりにくい組織が存在することを利用して、異なる色素を用いて染め分ける「多重染色」という方法が行われることもあります。

蛍光色素は、強すぎる励起光を当てることで褪色したり、電子線を当てると変質して発光しなくなったりすることがあります。

そのため、褪色防止剤を加えて観察する、励起光の出力を調整するなど細心の注意が必要とされています。