金属顕微鏡は光を透過しない試料を観察するために使用するための構造を持っています。

たとえば対物レンズと同じ側に照明があること、標本を観察するにあたっては落射照明の光が反射され、その反射照明で標本を観察することになっており、落射型顕微鏡、反射型顕微鏡と呼ばれることもあります。

いっぽうで、生物顕微鏡は標本の下側から照明をあてる仕組みであり、標本を透過した光で標本を観察する仕組みであり、透過型顕微鏡と呼ばれます。