顕微鏡で観察するものは、細胞・細菌などの生体試料などで光を透過するものと、金属や半導体のような光を透過しないものに大きく分けられます。
細胞や最近などを観察するものを「生体顕微鏡」といい、試料の下側から光をあてて、試料を透過した光を使って試料を観察する仕組みとなっています。
細胞や最近などはプレパラートを作成したり、培養容器などに入れて観察するといった方法を取ります。
逆に金属顕微鏡は、対物レンズと同じ側から試料に光をあて、反射した光を使って試料を観察するという仕組みです。