人間は、左右両方の瞳で観察することによって、観察する対象を立体的に見ることができますが、「実体顕微鏡」は、左右の光路を別々に構成し、両方の眼を使って観察することで、サンプルを立体的に見ることができるものです。
また、低倍率で観察することが多く、また試料を薄切りなどの加工をすることなく、そのまま観察するために向いています。
生体試料を観察しながら、解剖などを行う場合にも、実体顕微鏡は向いていると言えるでしょう。