in vivo染色は生きた細胞や組織を染色するための方法で「生体内」を意味する言葉です（対する　in vitroは「ガラスの中」という意味）。
生きたままの細胞や組織の構造を、染色によってより観察しやすい状態にすることができ、細胞・組織の内部でなにが起こっているのかを観察したい場合に向いている方法です。
ただし、染料は生きた細胞や組織に害を与えてしまう可能性もあるため、in vitro染色に比べて色素を非常に薄めるなどの工夫が必要です。