日本でも感染者の増加が問題とされつつある結核は、結核菌によって引き起こされる病気ですが、結核菌の検出のためには抗酸染色が有効です。
また、ハンセン病を引き起こしてしまうらい菌も同様です。
もしも結核が疑われる患者が病院を受診した場合、患者の痰を抗酸染色し、結核菌がどの程度含まれているか、今後、その患者から他の人に感染する可能性がどのくらいあるか、といった検査が行われます。
抗酸染色を行うことが、検出のために有効な菌としては、ウシ型結核菌やヨーネ菌などもあります。