メチレンブルーは、動物細胞の核を見やすくする色素で、1876年にドイツ人化学者・実業家のハインリッヒ・カロが合成することに成功しました。
細胞の染色をするだけではなく、金魚などに発生する「尾ぐされ病」「水カビ病」などの治療を行うための薬剤（メチレンブルーを水に溶かしておき、その中に魚類をしばらく入れておく）としても使用されています。
さらに、活性炭の吸着力評価や、光触媒の性能評価物質、また酸塩基指示薬として使われることもあります。