XYステージを使用すると「試料をいったんステージにおいた後は、なんどもステージに触れる必要がなくなる」というメリットがあります。
初めから試料を中央におこうとすると、位置を決めるための手間暇がかかってしまうのですが、後から位置の調整ができると分かっているステージに試料を置くことになるので、試料に触れている時間が短くて済みます。
たとえば、医療機関等で臓器や細胞などを観察したい場合、長時間手を触れていると、体温で試料が変質する・機器が汚れるなどのデメリットがありますが、XYステージの使用によってその悩みが解消できます。