蛍光顕微鏡は、一般的な光学顕微鏡とは違い、試料が発する蛍光・燐光現象を観察するための顕微鏡です。
光源も、超高圧水銀灯やキセノンランプを用いたり、紫外線を発するタイプの光源、あるいはレーザー光などを使うことになります。
蛍光観察を行う場合には特に、外部からの光の影響を受けないようにすること、強すぎる照明が原因で染料（試料を染色するのに使う）が褪色し、観察結果に影響が出るといったトラブルに注意が必要です。