マイクロスコープで観察し、PCなどに映し出された画像は、デジタル画像（静止画、動画など）として保存できるようになっています。
たとえば静止画の保存形式としては、TIFF、BMP、JPEG、TDV、FRNなどがあります。
それぞれのファイル形式に長所・短所があり、観察や撮影の目的に応じて保存形式を選ぶ必要がありますので、注意が必要です。
さらに、画像を撮影した際の場所、時刻、カメラの種類、撮影条件などはExif情報として記録されるようになっています。