走査型プローブ顕微鏡の特徴は高い分解能を持ち、一定の条件と試料に対しては原子・分子レベルの分解能を発揮すること、そして拡大能力では透過型電子顕微鏡に並ぶということが大きな特徴です。
電子顕微鏡とは違い真空という環境下でなく、大気中でも使用することができ、さらには溶液中での使用・操作も可能であることが、走査型プローブ顕微鏡の大きなメリットです。
微生物、生体試料の観察にも適しており、化学反応中のリアルタイム観察、液晶・高分子などの観察といった幅広い分野での利用が可能です。