レーザー走査顕微鏡は、焦点を合わせた部分以外から得られる光を排除して、画像に必要なデータを得るという性質があり、厚みのある試料でも鮮明な3D画像が得られます。
観察時の条件にもよりますが、一般的な光学顕微鏡に比べて1.3～1.4倍の分解能が得られることもあります。
なお、レーザー光線をそのまま試料に照射して観察しようとすると、干渉ノイズが生じます。
そのため、レーザー光線を小さく絞り込んで試料表面にあて、これを走査する方法で試料を観察するのが、この顕微鏡の特徴です。