マイクロスコープで生物標本、細胞などを観察する場合、可視光線を利用して観察する場合以外には、蛍光染色をはじめ何らかの前処理を必要とする場合があります。

しかし、このような処理を実施した結果、本来はその生物の内部になかった構造物が、細胞・組織内に生まれてしまうということがあります。

これをアーティファクトと呼びます。

マイクロスコープの世界だけではなく、「自然」を観察する自然科学の分野で「人工のもの」が発生してしまった場合（観測・解析において発生したデータの歪み、エラーなど）、それをアーティファクトと呼びます。