マイクロスコープを使用する上で、様々なフィルターを使って観察に適した状態を作り出すことになります。

マイクロスコープのレンズを汚れや傷から守るための保護フィルターは、埃や煙などが生じる環境下で使用します。

また光には色々な波長がありますが、特定の波長だけを反射・吸収・透過するなどして、観察に必要な波長の光を得るためのフィルターもあります。

さらに、金属などの反射の強い対象物を観察するのに必要な偏光フィルターというものもあります。