マイクロスコープは試料を観察し、その画像データをもとに、試料の計測などを行うことができます。
計測や深度合成などを自動で行ってくれるソフトウエアも開発されており、画像をデジタルデータとして処理できる時代の恩恵が、ここに表れていると言えるでしょう。
計測を行うソフトには、距離、長さ、高さなどを計測できるだけではなく、計測結果にもとづいた2D画像、3D画像などを作成できるものまであります。
計測のレベルも簡易的なものから、非常に精密な性能をもつものまで様々です。