デジタルマイクロスコープを使用することのメリットは、ソフトウェアを用いて計測や深度合成などを、瞬時に行うことができる点です。

計測ソフトには、距離・長さ・高さを計測できるもの、計測結果をもとに2D画像、3D画像などを作成できるソフトウェアもありますし、観察、記録、出力などの幅広い性能を備えているものもあります。

ただ、ソフトによって「簡単な計測」から「精密な計測」まで様々なレベルが想定されており、選定の際には注意が必要です。