マイクロスコープは様々な場所で使われていますが、カビや結露、光軸のトラブルを防ぐための注意点があります。
まず高温多湿となる場所（食品を加熱する場所など）、油はねがあるような場所、加湿器などの湯気があたってしまう場所での使用・保管は避けましょう。
直射日光があたる場所での使用は避け、ガラスはできれば曇りガラスにするほうが、試料の像が見やすいといわれています。
さらに、長期にわたって保管する場合には、埃よけのケース、カバーなどをかけて、乾燥剤も近くにおくようにしてください。