ミクロトームには光学顕微鏡、電子顕微鏡のそれぞれで観察するのに適したものがあります。
光学顕微鏡で観察する試料をミクロトームで切り出す場合には、鋼鉄製の刃が使用されることが多いです。
いっぽう電子顕微鏡で観察する試料は、ガラスナイフ、サファイヤナイフ、ダイヤモンドナイフなどで切片へと加工されます。
刃が固定されており、試料を動かして切片を作るタイプのものと、試料を固定しておき刃を動かして切るタイプのものがあります。