金属試料の切り出しが済んだら、試料を樹脂等に埋め込む作業が行われ、特に試料が小さい場合にはこの手順が必要となります。

ただやみくもに樹脂に埋め込むのではなく、試料の形状を考えることと同時に、顕微鏡で観察したいのはどの面かということを考えて、樹脂にどのように埋め込むのかを検討します。

熱間埋め込み（熱を加える方法）と、冷間埋め込み（熱を加えない方法）がありますが、前者の方が長期保存が可能であり、後者は長期保存には向きません。