顕微鏡で観察したい試料を、固定、染色などの処理によって観察しやすい状態にしたのちに、封入剤を使い、カバーガラスの下に封入します。
封入剤としては、水や等張液、緩衝液などが使われることもありますが、より蒸発が遅いグリセリン、乳酸、ラクトフェノールなどが使われることもあります。
また、観察者は対物レンズを通して、カバーガラスの上から観察をすることになるので、カバーガラスの厚みや材質は「試料の見えやすさ」に大きな影響を与えます。