透明な組織を観察する場合、そのままでは見づらいので、特殊な色素を使って色を付け、見やすくすることが行われます。
染色は様々な目的のために行われ、たとえば特定の分子と反応しやすい色素を用いて染色を行う方法や、特定の酵素と反応し発色する性質の薬剤を用いて染色をする方法などがあります。
染色は様々な目的があって行われ、その方法や使用する薬剤も様々です。
生きていない細胞を染色する「in vitro染色」や生きている組織を染色する「in vivo染色」などの分類方法もあります。