染色に用いられる方法は多数あり、様々な染料が用いられます。

たとえば、特定の疾患にかかった細胞や組織には、変化が生じることがあり、染料の中には変化を起こした細胞のみ染色できるという性質をもつものもありますし、特定の性質を持つ細胞のみ染色できる、というものもあります。

医療の分野で用いられる「グラム染色」は、最近がグラム陽性かグラム陰性かを判断するために役立つ方法です。

グラム陰性菌とグラム陽性菌を比べると、後者のほうが相対的には危険性が薄いと言われています。