筆跡鑑定は、基本的に「2つの文字がどのくらい似ているか・違うか」を比べるものですので、「Aさんが書いた文字かどうかを鑑定する」には、「Aさんが書いたと分かっている文字」がなければなりません。

また、顕微鏡の性能がいくら優れていて、鑑定人が経験豊富な人であったとしても、算用数字やひらがななど、人による書き方の癖が表れにくい文字のみを比べることや、比較できる文字数が極端に少ない場合、コピーされた資料を使っての鑑定などは、精度が落ちると言われています。