光学顕微鏡は、細胞を生きたまま観察することが可能ですが、可視光線を利用して観察するため、解像度をあまり上げることができません。

細胞は、全体として透明に近いことが多いため、観察が難しいという面もあります。

位相差顕微鏡を使えば、透明な細胞でも染色をせずに見ることが可能になります。

また蛍光顕微鏡やレーザー顕微鏡を使い、蛍光標識による観察を行う方法も、最近は注目を集めており、生きた細胞の内部で起こる様々な現象を観察できるようにしたのが、蛍光標識と呼ばれるものです。