金属を観察するために優れた特長を持つ金属顕微鏡というものがあり、金属観察の場面においてマイクロスコープに比べて高い解像度が得られます。
ただ、金属顕微鏡は費用が高額となり、マイクロスコープを採用した場合の数十万円単位での出費に比べると、金属顕微鏡は数百万円にも上ることがあり、その上でカメラをつけることはオプション扱いとなることも多いです。
さらに、金属をステージに載せられる状態に加工しなければ、金属顕微鏡では観察できない点も大きな違いであり、観察の目的に合わせて顕微鏡を選ぶ必要があります。