ヘマトキシリンとエオシンという色素を使って染色する方法で、HEは2つの色素の頭文字をとった呼び名です。

光学顕微鏡を用いて標本を観察する場合に広く使われており、エオシンは細胞質を赤黄色に染色し、ヘマトキシリンは核を静紫色に染色する性質を利用した染色法です。

また、エオシンにはエオシンY（わずかに黄色がかったもの）とエオシンB（わずかに青みがかったもの）という種類があり、この2つの色素には互換性があります。