in vitro染色（in vitroは「ガラスの中」の意）とは、生きていない細胞・組織などを染色することを指し、in vivo染色（in vivoは「生体内」の意）は生きている組織を染色することをあらわします。

染色につかわれる色素は、生きている細胞や組織にとって「毒素」にあたるものですので、in vivo染色を行う場合には、色素の濃度に気を配らなければなりません。

使用時の濃度に気を配ることで、in vitro染色にもin vivo染色にも使うことができる色素が多いです。